章纶既因具备大节被英宗所重，但性格仍很刚直，不能随俗。石亨贵幸之后，召公卿去饮酒，章纶推辞不去，又多次与尚书杨善论事意见不合，石亨、杨善便一同贬低章纶。章纶于是被调到南京礼部，又在那里改调到吏部。

　　宪宗即位后，有关官员根据遗诏请求宪宗举行大婚。章纶说：“先帝山陵尚新，年号还没改，先帝逝世百日即改行吉礼，心中能自安吗？陛下登基之初，应当以孝治天下。三纲五常实根源于此，请待来春之后再举行。”他的建议虽然不被采纳，但天下都很敬重他的话。

　　成化元年（1465年），两淮闹饥荒，章纶上奏救荒四条建议，都被批准了。

　　成化四年（1468年）秋，章纶的儿子玄应冒名考中会试。给事中朱清、御史杨智等人因此弹劾章纶，宪宗命侍郎叶盛调查。

　　成化五年（1469年），章纶与佥都御史高明考察百官，二人意见不合。奏疏呈上后，章纶又独自上奏说给事中王让不参加考察，并且说高明刚愎自用，自己的意见多不见赞同，请求将他与高明一同罢免。他的奏章都下到叶盛等人手中。于是王让以及参加考察的诸臣连着上书弹劾章纶。章纶也多次上疏请求罢免。宪宗不听。后来叶盛等人查出玄应确实是冒名。宪宗宽宥了章纶，而他所奏的其他事情，也都不问。不久，他又转调礼部。温州知府范奎被弹劾调官，章纶说：“温州是臣的故乡，范奎大得民心。他解官之日，士民三万人哭泣攀着车辕，留了十八天才得离去。请求让他回任，以安慰民望。”奏章下到有关部门，竟被搁置。

　　章纶性戆直，好直言，不为当权者所喜欢。他任侍郎二十年，不得升迁，以年老请求离去。

　　成化十三年（1477年），在家乡南阁建祖先祠及学校，筑藏书楼。

　　成化十九年（1483年）三月二十三日（4月28日），章纶逝世，年七十一。

　　成化二十三年（1487年），章纶的妻子张氏呈上他的奏稿，并请加恩，宪宗嘉奖叹息。七月，宪宗赠章纶为南京礼部尚书，谥号“恭毅”，授予他的一个儿子为鸿胪寺典簿。朝廷为表彰其德行，特立“会魁”、“尚书”牌坊。

参考资料：

1、《明史·卷一百六十二·列传第五十》：