乾隆三十三年(1768)五月，济宁等处漕运粮船过津，前后帮一二日至四五日不等。乾隆帝得知，颇为不满。着嵇璜查明因，从实回奏。嵇璜承认官员办事不周，催督不力所致。御批脱部察议，将嵇璜亦调离东河河道总督之任，改授工部尚书。原乾隆三十四中(1769)正月，又有人奏报：嵇璜在东河交河道总督任内甄别下属官员不力。御批降三级调用，补都察院左副都御史。五月， 同刑部会审一件案子，刑部错定了罪，而嵇璜未加详察，签字划诺，又遭降一级留任的处分。乾隆三十六年(1771)，迁工部右侍郎。至三十八年(1773)五月，又被提升为工部尚书；八月，调任兵部尚书。次年，任《四库全书》正总裁。、

　　乾隆四十年(1775)四月，乾隆帝进驻香山行宫。嵇璜因未到行宫参见，又受到降三级的处分。十二月又调任工部尚书。乾隆四十四年 (1770)十二月，兼任翰林院掌院学士；后又调吏部尚书兼协办大学士。 乾隆四十五(1780)，京察叙加一级，六月，教习庶吉士；九月，授文渊阁大学士兼国史馆正总裁。

　　乾隆四十六年(1781)夏天，黄河青龙岗段决口，其泛滥之水，由赵王河归大清河(即今黄河下游河道)入海。嵇璜经过考察后，提出了令黄河北流，重返山东故道的建议。这一建议震动了朝廷。一般人认为黄河下游河道自北宋南迁以来，至今已历数百年，未可轻议更改。大学士阿桂等也揣合帝意，上书反对，都说山东地势高于江南(指今江苏北部)，今青龙岗决口，所溢之水只有十分之二经赵王河、大清河北流人海，而十分之八则由南阳、邵阳诸湖汇流南下。因此，重返山东故道之议断无道理。乾隆帝看了这些奏本，想到嵇璜是个通悉河务的老臣，不会冒然提出“使河北流”之议，其中必有所见；况且治河之策，本应集思广益，不妨博采周长，以期得出确实可行的方法。于是下令大学士、九卿、科道等官员讨论，写出奏报。然而官场积习，因循苟且而被延搁了下来。直到清咸丰五年(1855)六月震惊全国的铜瓦厢(在今河南兰考县境内)大决口，黄河在卷走多少万人的生命财产以后，自动北返山东故道。而这延搁的74年时间中，又不知发生多少次水患灾害。

　　乾隆五十一年(1786)，嵇璜因精力日衰而请求致仕，但未能获准。乾隆五十四年(1789)三月，上书房诸臣旷班达七日之久而嵇璜未及时纠正，触犯了乾隆帝，下令严加惩处。嵇璜年老力衰，得以从宽处理，降三级留任。乾隆五十五年(1790)四月，嵇璜80岁，正值他中进士60周年，乾隆帝准其与新科进士一起同赴琼林之宴，当时传为佳话。

　　嵇璜与乾隆帝同庚，曾数次随从南巡，其祖父和父亲又都受过朝廷的恩宠。因此，乾隆帝同他常有诗歌赠答唱和。就在嵇璜80寿辰之际，乾隆帝御笔写道：“诞日原当六月初，后移称庆实谦虚。还乡未可便从尔，恋阙依然尚悯予。赐马赐舆堪赞阁， 日来日史未悬车。同庚待我归政后，南北应同林下居。”

　　嵇璜卒于乾隆五十九中(1794)七月，终年84岁