1820年（嘉庆二十五年），龚自珍会试再度落第，以举人挑选为内阁中书。

　　从1821年（道光元年）起，又任国史馆校对等官职，先后十几年。其间，他阅读了内阁丰富的档案和典籍，勾索旧闻，探讨历代得失，以后又参加《大清一统志》的修撰，写出了《西域置行省议》等有深刻见解的文章。

　　1829年（道光九年），龚自珍经过第六次会试，终于考中进士。他在殿试对策中仿效王安石“上仁宗皇帝言事书”，撰《御试安边抚远疏》，议论新疆平定准格尔叛乱后的善后治理，从施政、用人、治水、治边等方面提出改革主张。“胪举时事，洒洒千余言，直陈无隐，阅卷诸公皆大惊。主持殿试的大学士曹振镛是个有名的“多磕头、少说话”的三朝不倒翁，他以“楷法不中程”，不列优等，将龚自珍置于三甲第十九名，不得入翰林，仍为内阁中书。

　　1839年（道光十九年）春，由于龚自珍屡屡揭露时弊，触动时忌，因而不断遭到权贵的排挤和打击，他又忤其长官，决计辞官南归，

　　1839年6月4日（道光十九年四月二十三日）离京。9月又自杭州北上接还眷属。两次往返途中，百感交集的龚自珍写下了许多激扬、深情的忧国忧民诗文，这便是著名的《己亥杂诗》315首。

执教兴学
　　1841年（道光二十一年）春，龚自珍执教于江苏丹阳云阳书院。三月，父亲龚丽正去世，龚自珍又兼任了原由其父主持的杭州紫阳书院讲席。夏末，他曾写信给江苏巡抚梁章钜，准备辞去教职，赴上海参加反抗外国侵略的战斗。但1841年9月26日，突患急病暴卒于丹阳。

轶事典故

藏书故事
　　龚自珍不仅仅是晚清思想家，还是一名知名的藏书家、目录学家。一生志存改革，青年时代所撰《明良论》、《乙丙之际著议》等文，对封建专制的积弊，进行了揭露和抨击。藏书极精，抄本和宋、元本达20余种，曾托钮树玉、何元锡等人助其搜讨，又四处借抄。曾为诸多知名藏书家撰写藏书记、藏书诗、藏书序跋。其《慈云楼藏书志·序》，对古典目录学的阐述，深刻独到：目录之学，始于刘向，嗣是而降，约分三支：一曰朝廷官簿，一曰私家著录，一曰史家著录，三者体例不同，实相资为用，不能偏废。尤喜收藏碑文、石刻、印章，文博藏品之富，陈元禄称之为“不可胜记”。藏室名为“宝燕阁”、“寰中一玉之斋”，其藏帖“二千种之冠”，邀林则徐、魏源、何绍基等好友同赏。又有“晋墨斋”。研究藏品之作如《说印》、《商周彝器文录序》、《秦汉石刻文录序》、《瓦录序》等专论文章数篇。惜藏书后来毁于火。他生平诗文甚富，后人辑为《龚自珍全集》。其子龚橙撰有《仁和龚氏旧藏书目》1册，手抄本，著录图书700余种。