希运于怀海处悟得道一大机大用，并得印可。后来希运回到黄檗山，“四方学徒，望山而趣，睹相而悟，往来海众常千余人。”会昌二年（842），希运被当时任钟陵（今江西进贤县）廉镇的裴休迎请至钟陵龙兴寺，躲过了会昌法难。大中二年（848）裴休移镇宛陵（今安徽宣城县），又迎请希运至开元寺，朝夕参扣，并记录其开示法语，辑为《黄檗希运禅师传心法要》和《宛陵录》。这是我们今天研究黄檗希运及早期临济思想的重要史料。裴休曾有诗赠希运：
自从大师传心印，额有圆珠七尺身。挂锡十年栖蜀水，浮杯今日渡漳滨。一千龙象随高步，万里香华结胜因。拟欲师事为弟子，不知将法付何人。
希运云：
心如大海无边际，口吐红莲养病身。自有一双无事手，不曾只揖等闲人。
于此可见希运见地风骨。希运在黄檗山开张门户，说法接人，四方学徒，海众奔凑，“自尔黄檗门风盛于江表。”大中年间，希运示化，谥号“断际禅师”。
自创禅学
唯说一心。千说万说只教人莫错用。“一心”，分别即魔，忘机即佛。今本州黄檗山上万福寺，有赵朴初会长写的对联：“万劫婆心，原来佛法无多子；福田种智，重见圆珠七尺身。”这是对禅师弹风的高度概括。黄檗婆心切，以打、骂、喝交加，截断学人情解，独树洪州禅风，经久不衰，具有独特的魅力和吸引力，特别是在日本，黄檗宗多次在万福寺举行会议，并成立中日临济黄檗协会，为当今中日两国人民的友谊架起了一座桥梁。黄檗禅师的功绩在佛教史上永远是熠熠生辉的。
希运的禅学思想主要是继承马祖道一“即心即佛”的思想，而力倡“心即是佛”。他说：诸佛与众生，唯是一心，更无别法。此心无始已来，不曾生，不曾灭，不青不黄，无形无相。不属有无，不计新旧，非长非短，非大非小，超过一切限量、名言、踪迹、对待。当体便是，动念即差。犹如虚空，无有边际，不可测度。惟此一心即是佛，佛与众生更无差异。
自惠能起，“即心即佛”说便为天下学禅者普遍接受，成为人所共知的事实。从达摩来东土传法，即倡导要直指人心，见性成佛，将心等同于佛，这是禅宗的一贯主张。希运说：“达摩大师到中国，唯说一心，唯传一法，以佛传佛，不说余佛，以法传法，不说余法。”但许多学禅者，舍本逐末，妄求佛法，希运批评说：“如今学道人，不悟此心体，便于心上生心，向外求佛。”众生着相外求，“求之转失，使佛觅佛，将心捉心，穷劫尽形，终不可得。不知息念忘虑，佛自现前，此心即是佛，佛即是众生。为众生时，此心不灭，为诸佛时，此心不添，乃至六度万行，河沙功德，本自具足，不假修添，遇缘即施，缘息即寂。”即心是佛，心外无佛。希运极力反对“向外求佛”，力戒对佛法的见闻知解，他说：“古人心利，才闻一言，便乃绝学，所以唤作绝学无为道人。今时人只欲得多知多解，广求文义，唤作修行，不知多知多解，翻成雍塞。”追求知解，不仅不能悟彻佛法，反而成为悟道之障缘。因为“此本源清净心，常自明遍照。世人不悟，只认见闻觉知为心。为见闻觉知所覆，所以不睹精明本体。”如此，则导致“求知见者如毛，悟道者如角。”希运认为，求知解是使人与道相隔绝的主要原因，所谓“只怕一念有，即与道隔矣。”世人妄以世智辩聪来知解佛理，不曾想，佛之真谛恰恰被淹没于知解见闻之中。所以希运说：“我此禅宗，从上相承以来，不曾教人求知求解。”即使有时教人“学道”，也只是一种“接引之词”。道不属修，佛不可觅，情存学解，便成迷道。希运继承道一、怀海之说，视一切语言文字、分辨知解为障道之缘，“所以佛出世来，热除粪器，蠲除戏论之粪，只教你除却从来学心见心。”并告诫随其学法的裴休说：“若形纸墨，何有吾宗！”
