《本草经集注》具有明显的特点。首先，它改进了药物的一般分类法。《神农本草经》的三品分类法，仅仅概括地指出药物有毒或无毒，较为粗糙，既不容易掌握药性，又难于寻检，容易造成治疗上的差错。陶弘景把三品分类发展到玉石、草木、虫兽、果、菜、米食，有名未用等七种分类。这种分类方法后来成为我国古代药物分类的标准方法，在以后的一千多年间，一直被沿用，并加以发展。其次，对于药物的性味、产地、采集、形态和鉴别诸方面的论述，有显著提高。再次，总结了诸病通用的药物。例如祛风的药物有防风、防己、秦艽、川芎、独活等，就归在同一类，叫做"诸病通用药"。这种分类方法，便于临床参考，对医药学的发展也起到了促进作用。因此，此书问世后，影响很大，我国古代的第一部药典-唐代《新修本草》，就是在此书基础上进一步补充修订完成的。但《本草经集注》也存在不少问题。李时珍" href="http://www.youmowan.cn/shiren/9616.html">李时珍对其采取一分为二的评价，说"其书颇有裨补，亦多谬误"。
陶弘景对《神农本草经》原有的三百六十五种药，所作的订正、补充和说明，是有调查研究作为基础的。他下了不少功夫取得了药物的采集和临床用药的经验，并经常深入药材产地，了解药物的形态、采制方法。在对各种药味进行研究时，他发现许多药物，虽被指为药用，其实有名无实，毫无价值。如石下、长卿、屈草、满阴实、扁青等等。他把这类药列为"有名无用"类。这种创见是在调查研究基础上获得的。遇到疑难就去调查研究，这是陶弘景在几十年治学的过程中养成的习惯。这里有个很生动的故事。一天，他读到《诗经·小宛》的"螟蛉有子，蜾蠃负（抱）之，教诲尔子，式谷似之"几句，就很不以为然。《诗经》的旧注说，蜾蠃（一种细腰蜂）有雄无雌。繁殖后代，是由雄的把螟蛉（青蜘蛛）的幼虫衔回窝里，叫那幼虫变成自己的样子，而成为后代。恰好一个朋友也来问这是怎么回事。他就先去查书本，书本说的跟《诗经》旧注的一模一样。他想：这些书尽是我抄你，你抄我的，查书是查不出什么名堂了。我何不亲自到现场看个究竟呢？于是，陶弘景来到庭院里找到一窝蜾蠃。经过几次细心的观察，他终于发现，那螟蛉幼虫并非用来变蜾蠃的。而是蜾羸衔来放在巢里，等自己产下的卵孵出幼虫时，作为它们的"粮食"。蜾蠃不但有雌的，而且有自己的后代。蜾蠃衔螟蛉幼虫作子之谜，终于被陶弘景用调查研究的办法揭穿了。从这件事，他就得出一个结论：治学要重视调查研究，不能因为别人怎么说自己也跟着怎么说。由此可见他治学的严谨性。
陶弘景整理医籍，十分尊重原作，决不乱涂乱改，也不信口雌黄，即使有补充，也把自己的说法和原书的说法区分开来。如把搜集到的三百六十五种药加入《神农本草经》，他就用"黑"字写，有的就用"红"字写。所以，后人有"本草赤字"，"本草黑字"之称。赤字是本经正文，黑字是后来加入的。他开创的这种做法，后来的注释家就争相学习。
陶弘景整理医籍，细心、严谨、周密、实用，是我们今天整理中医古籍的一面镜子，不愧为一代名医，流传千古。 至今还被世人所推崇。是一颗璀璨的明珠。
