由于乙未事变和“断发令”造成了朝鲜全国的骚乱，第一次反日义兵运动（乙未义兵）风起云涌，因此刚刚通过“俄馆播迁”而从亲日派手中获得权力的高宗不得不采取怀柔政策，来使全国性的义兵运动平息下去。崔益铉是朝鲜儒学界的领袖，威望极高，又在20多年前受高宗知遇之恩，所以高宗于建阳元年（1896年）2月任命崔益铉为“各府郡宣谕大员”，到全国各地招安义兵。这些义兵都是因“为国母报仇”和发对“断发令”而于乙未年冬起义的，其中柳麟锡等义兵领导人和崔益铉有密切关系。崔益铉对义兵运动抱同情和支持的态度，后来他自己也成了义兵首领。20多年未涉仕途的崔益铉再次做官，光武二年（1898年）以后先后被任命为宫内府特进官、议政府赞政、中枢院议官、京畿道观察使等高级官职，但由于崔益铉坚持儒学，看不惯当时社会上的开化风气，更由于不满官场的腐败和倾轧，这些职务不久都被他在1896年上《宣谕大员命下后陈怀待罪疏》、1898年上《辞议政府赞政疏》及再疏、《辞宫内府特进官疏》及再疏、1904年上《辞宫内府特进官疏》的三，四疏主动辞退。正是由于与当时社会方枘圆凿，崔益铉再度归乡，住在忠清道定山，并游历各地，从事教育事业。但这并不代表他不问国事，崔益铉还曾向高宗上《漱玉轩奏箚》、《阙外待命疏》及再，三疏、《时务十五条》等，提出“修武备”、“明大义”等建议，都体现出崔益铉忧国忧民的忠正之心。

　　起兵抗争

　　光武八年（1904年）2月，日俄战争爆发，日本又一次入侵韩国，并在日俄战争爆发不久后逼迫大韩帝国政府签订《日韩议定书》，把韩国拉进日本阵营；又在同年8月强迫签订第一次日韩协约，开始了对韩国内政外交的控制。面对国难当头，已经隐居数年的崔益铉再次奋起反抗。崔益铉于光武八年（1904年）收到高宗皇帝的密谕，并在次年1月进入汉城与高宗面谈。崔益铉指出自从乙未事变以后复仇心渐渐缺失，导致亲日分子猖獗，坚决主张反抗日本，并提出了人才择用和聚敛禁止等5条时务策。正由于如此，崔益铉遭到日本人的迫害，日本驻韩司令官长谷川好道命令日本宪兵将崔益铉逮捕，将他强制押往故乡抱川监禁。后来他被释放后，又一次上疏痛斥日本和卖国贼的罪行。结果再遭逮捕，押至定山，后又释放。光武九年（1905年）11月17日，日本强迫韩国政府签订《日韩保护协约》（即《乙巳保护条约》），将韩国变为事实上的殖民地。崔益铉悲愤欲绝，立刻上了一道《请讨五贼疏》及再疏，要求高宗皇帝向国内外宣布乙巳条约无效，并处断李完用、朴齐纯等对日缔约的“乙巳五贼”。由于乙巳条约的签订，韩国又一次爆发了反日义兵运动，崔益铉对此感到异常兴奋，十分关心和支持各地义兵的反日斗争。此时73岁高龄的老儒崔益铉，毅然决定亲自起兵反抗日本。