崔益铉本来就深受儒学尊王攘夷、夷夏大防的影响，此事自然遭到崔益铉的强烈抵制。高宗十三年（1876年）正月二十二日，崔益铉联合司谏张皓根率领数百儒生在王宫昌德宫门前持斧上疏，坚决反对同日本谈判乃至缔约。崔益铉在《丙子持斧伏阙疏》中深刻洞悉了这个所谓“修好条规”的不平等性质以及日本侵略朝鲜的野心，认为：

　　“臣闻贼船之报，意谓廊庙当有定论，侧听屡日尚无所闻。外间喧传意在求和，万口同愤，四境汹汹。如其讹也，则公私幸甚；如其实也，则为贼人地也，非为国家也。此说施行，殿下之势去矣。……和出于彼之乞怜，强在我而我足以制彼，其和可恃也；今和出于彼之乞怜耶？我之示弱耶？畏怯而求和，则为目前姑息，向后溪壑之欲何以充？此所以乱亡者一也。彼之物货，皆淫奢奇玩；而我之物货，民命所寄而有限者也，不数年东土数千里，无复支存，国必随亡，此乱亡者二也。彼虽托倭，其实洋贼；和事一成，邪学传授，遍满一国，此乱亡者三也。……持斧伏阙，伏愿亟正大策……如其不然，臣目见域中人没于禽兽，不愿腼面苟活为伍，乞以此斧加臣显戮，使得归陪二圣于地下，亦朝廷之大恩也。”

　　并预见了这些条款将对朝鲜社会产生的冲击，指出“彼之物货，皆淫奢奇玩；而我之物货，民命所寄而有限者”，将会带来后果不堪设想的掠夺性贸易，崔益铉还提出“倭洋一体”，与日本媾和将会输出“洋贼”之“邪学”（即天主教等洋教），动摇朝鲜的民族精神，使国家走上亡国之途，表示如果朝廷不接受他的主张就立即以斧劈头而死。但闵妃集团本来就倾向开放，加上畏惧日本的武力威胁，一面同意日本的条款，与其缔结《江华条约》；一面立刻将崔益铉逮捕，武力驱散在宫门前示威的儒生，并下令将崔益铉发配到全罗道西海岸的黑山岛。崔益铉由于他的正直敢言，再次触犯权贵，遭到流放恶岛的厄运。

　　崔益铉被发配到黑山岛以后，在那里兴办学塾，成立了一心堂和黑山书社，并与当地的一些文人学士研究学问，吟诗作赋。崔益铉在黑山岛的诗文大都表现了他忧国忧民、孤愤失意的情怀。现今大黑山岛上的浅村还保存着“勉庵崔先生谪庐遗墟”。另外，崔益铉还特别钟情于黑山岛上的一块岩石，用朱熹的“为我重指掌”一句将其命名为“指掌岩”。他还在指掌岩上题写了“箕封江山，洪武日月”八个大字，充分表达了崔益铉对祖国大好河山的热爱。高宗十六年（1879年），崔益铉获得赦免，离开了黑山岛，回到了故乡抱川郡。