熙宁二年（1069年）二月，富弼被升授为司空兼侍中，并获赐甲第（上等府第），富弼尽皆全部辞谢，改拜左仆射、门下侍郎、同平章事。

　　这时有人向神宗说灾异都是天数，不是人事得失所导致的。富弼听后叹息说：“人君害怕的只有天，如果不畏惧苍天，又有什么事不能干呢？这一定是奸人想进邪说，来动摇皇帝的意志，让辅佐谏争的大臣，没有地方施展他们的才能。这是治乱的关键，不能不尽快救治。”就上书数千言，极力论说此事。又说：“君子小人的进退，关系到皇帝治道的消退与增长，希望仔细辨察，不要以相同为喜相异为怒、以喜怒决定任用取舍。陛下喜欢派人侦察外边的事情，因此奸邪险恶之人得志。又发布很多亲自写的批文，如果每件事都正确，这也不是做君主的办法；假如十分之七八正确，积日累月，过失也就多了。如今朝廷内外的事务逐步有所变化，大抵是小人喜欢制造事端，希望陛下仔细观察，不要有后悔的地方。”

　　这时很长时间发生干旱，群臣请求奉尊号和使用祭乐，神宗不允许，而以同天节辽国使者应当给皇帝做寿，因此没有拒绝他的请求。富弼说这是扩大德行的，正应当用这个来在天下显示，乞求一并罢免上寿。神宗听从了富弼的建议，当天就下雨。富弼又上疏，希望更加畏惧上天的警戒，疏远奸邪佞恶，亲近忠良。神宗亲自书写诏书进行褒奖答谢。

　　力反变法

　　熙宁二年（1069年），王安石出任参知政事（副相）。王安石向来与富弼不和，富弼考虑不能和他争执，多次声称有病告退，数十次上章。神宗将允许他告退，问他说：“你告退，谁能够代替你？”富弼推荐文彦博，神宗沉默不语，很久了才说：“王安石怎么样？”富弼也沉默不语。八月，出授武宁军节度使、同中书门下平章事、判河南府。经富弼请求，改判亳州。

　　青苗法颁布后，富弼认为这样就会财利聚集于朝廷，而人心分散，坚持不执行。提举官赵济弹劾富弼不执行圣旨，侍御史邓绾又乞求将其交付有司处置，于是以左仆射之职改判汝州。王安石说：“富弼虽受责罚，还不失于富贵。从前鲧由于违命被诛杀，共工由于貌似恭敬而内心傲狠被流放，富弼同时犯有这两条罪行，只夺去使相之位，又怎能阻止奸邪呢？”神宗不回答。富弼说：“新法，臣下不知晓，不能用来在我的郡县实行，愿回洛阳养病。”神宗同意。不久后，富弼上疏请求告老回乡，神宗恢复其武宁军节度使及同平章事之职，命其以司空、韩国公之衔致仕。