淳熙五年（1178年），萧燧任同知贡举。当时有圣旨下到江东、江西、湖南、湖北的帅府，让他们招募军队，萧燧进言：“各帅府招募来的多数是市井少年，都是贪图犒劳恩赏才来应募的，各地还往往捕捉农民来充数，抓平民来充军。请求严厉告诫各州、郡，杜绝这些事，希望能得到强壮兵力，以便用来作战。”宋孝宗听从了他的意见。
弹劾军帅
夔州路帅守李景孠贪婪暴虐，但参知政事赵雄庇护他，御史谢廓然不敢议论弹劾，萧燧就独自上奏请求罢免他。赵雄果然营救李景孠，又命令官复原职。萧燧就第二次上奏，连带涉及赵雄。赵雄秘密上奏萧燧是错听了李景孠仇人的话，还下令临安府逮捕了状告李景孠的恭州士人钟京等人，关在狱里，判了罪，李景孠仍官复旧职。萧燧就弹劾自己，宋孝宗下诏说他是听了传闻而不允许，最终仍极力请求离职。改为刑部侍郎，不去上任，坚决请求外任。出朝为严州知州。吏部尚书郑丙、侍郎李椿上疏挽留他，宋孝宗不久也后悔。
出治地方
严州地窄财缺，萧燧刚到那里，官府的存钱不满三千，萧燧节省使之够用。两年内，积蓄到了十五万，用这些富余的钱补上往年拖欠的，各县也都宽裕了。在这以前，宣和二年十月（1120年10月）方腊曾在这一带起兵反宋，到淳熙七年（1180年）正好是一甲子六十年，受轮回迷信影响，人人忧虑恐惧。恰巧遂安县县令减少地方土兵的薪饷，引得士兵吵吵嚷嚷。萧燧急忙改变命令，而且叫来土兵的头领告诫他们，都敬畏服帖。城里的流氓少年成群滋扰集市，萧燧秘密记下姓名，把他们都刺字充军，人民得以安居。宋孝宗当时正在吝惜职名，没有功劳的不授给，但下诏因萧燧治理地方有成绩，授为敷文阁待制，移为婺州知州。父老拦路，几乎无法成行，送出州境的人数以千计。
婺州和严州相邻，人民熟知条令教化，不费力而达到治理。当年严州遇到旱灾，浙西常平司请求拨糓米到严州，萧燧说：“东路西路本不是一路，不应当给，但怎么忍心对于以前治理过的地方不管呢？”为此到朝廷请求，打开太仓的米赈济严州百姓。
重回京城
淳熙八年（1181年），萧燧被召回朝，他向皇帝进言：“江、浙连年水旱灾，希望下诏征求意见，再命令各部门通融收取郡县的赋税，不要只是督责逼迫。”孝宗准奏，还授为他吏部右选侍郎，不久兼国子祭酒。
淳熙九年（1182年），萧燧出任枢密院都承旨。按惯例，承旨一般由知阁门官兼任，但他们有的倚仗宠爱揽权，孝宗想重新任用儒臣此职，所以任命萧燧以龙图阁待制兼任都承旨。萧燧进言：“行贿求官的风气没有消灭，群臣大多迎合献媚，强求声誉，应当细察他们的虚实。”皇上称好。授他为代理刑部尚书，金朝派使臣来，萧燧奉命充任金朝使臣的馆伴。
淳熙十年（1183年），萧燧兼任代理吏部尚书。上奏谈论广西各郡百姓身丁钱的弊端，请求减免。不久，兼侍讲，升侍读。又进言：“命令不可以变来变去，宪法章程不可以改来改去。初次任官不允许施恩免考，现在有的就直接命令注册授官了。已经免去了羡余的数目，现在反而把出剩当成名目。各路登记的死刑，负责官吏应当亲自审问，如果死刑囚犯的人数很多，应当按汉代制度开列首要和末尾的报告皇帝知道。”他上奏的事情很多都施行了。庆典时的施恩，丁钱的减免一半，也是从萧燧发起的。
晚年生活
淳熙十四年十月乙亥日（1187年11月9日），宋高宗赵构病死于临安行宫的德寿殿，时年八十一岁，宋孝宗为其建永思陵，萧燧充任永思陵按行使，授任参知政事，不久充任永思陵礼仪使，代理监修国史日历。
淳熙十六年（1189年），代理知枢密院，萧燧以已到退休年龄为由请求归隐，皇上挽留他，不同意，授为资政殿学士，让他做地方官。萧燧又请求退休，就任命他提举临安府洞霄宫。
绍熙四年（1193年），萧燧去世，享年七十七岁。谥号正肃。
